Trabajo en el Colegio de San José
Los superiores de la comunidad lo trasladaron a Medellín en 1933, para trabajar en el Colegio de San José, institución en la que permaneció hasta 1971, año del traslado a Bogotá; el hermano Daniel tuvo entonces solamente tres lugares de trabajo en su fructífera vida: Jericó, Medellín y Bogotá, en los que quedaron muestras palpables de su callada y persistente labor así como largas listas de discípulos, en los que sembró semillas imborrables de afición por la investigación que sobrepasaban las meras lecciones en las aulas.
En Medellín se le asignaron cátedras de Biología y Química, aunque también se desempeñó como profesor de Literatura y Filosofía, asignaturas que para él eran el núcleo de la formación de discípulos. Parte del ideario del hermano Daniel era la convicción de que el encasillamiento de la docencia en áreas incomunicadas era algo perjudicial que había que contrarrestar con la dedicación simultánea y deliberada a varias disciplinas del saber. Recibió en Medellín la designación para suceder al hermano Nicéforo en la dirección del Museo de Ciencias Naturales, actividad que acometió con entusiasmo y que adelantó hasta el año del traslado a Bogotá. Las colecciones de Mineralogía, Botánica y Zoología que recibió las aumentó de manera considerable; llevó a cabo esfuerzos ingentes y sin tregua para mejorar la dotación y la suscripción a revistas especializadas y dejó, a su partida, una de las mejores instalaciones en su género en el país.
En muy buena hora uno de los proyectos de la “Expedición Antioquia 2013” (entidad constituida por varias universidades del departamento, la Gobernación de Antioquia, la Alcaldía de Medellín y algunos otros entes oficiales y privados con el fin desarrollar proyectos muy ambiciosos para la región, a la manera de una segunda “Expedición Botánica” pero en multitud de áreas de trabajo, con ocasión de los doscientos años de la declaración de independencia de Antioquia) es la constitución del Museo de Historia Natural del departamento, que se lograría con la unificación de la colección del Colegio de San José, en la actualidad al cuidado del Instituto Tecnológico de Medellín en las instalaciones educativas del terminal de la calle Caracas, con las colecciones de otras entidades educativas, tanto de enseñanza media como superior, de la ciudad y el resto del departamento.
En 1955 se produjo el traslado de la sede del Colegio de San José del centro de la ciudad a la edificación del barrio “Boston”. Una actividad crucial fue el traslado cuidadoso del museo, debido a la atención extrema que exigía la índole de las nutridas colecciones. Este trabajo lo realizó el hermano Daniel con celo ejemplar y sin tropiezos de ninguna clase.
En la nueva edificación de dispuso para el museo un área considerable en los pisos segundo y tercero del ala norte. El pintor santarrosano Salvador Arango fue el encargado por la comunidad de La Salle de la concepción y realización de los murales que engalanan al museo; se trata de obras de arte que muestran la interrelación de los reinos de la naturaleza en armonía con manifestaciones del espíritu religioso, que está en consonancia con el espíritu mismo de la comunidad; estos murales son hoy patrimonio cultural de la ciudad y de la región. En las instalaciones del museo, miles de estudiantes tuvieron acceso al contacto con las ciencias naturales de manera casi insensible pero eficaz e indeleble.
El hermano Daniel fundó en el Colegio de San José la Sociedad de Ciencias Naturales “Caldas” en 1938, entidad dedicada a fomentar las actividades de investigación, la redacción de ponencias, la traducción cuidadosa de artículos escritos en otros idiomas, la publicación de resultados y el cultivo de las ciencias, en general, entre los estudiantes de bachillerato, como emulación de lo que se hace en sociedades y academias científicas. Esta sociedad fue en buena parte, en asocio con la Academia Literaria “Julio Arboleda” (dirigida durante muchos años por el hermano Daniel), la responsable de la mayoría de los contenidos del Boletín Cultural del Colegio de San José, revista de periodicidad semestral que con ahínco sostuvo y dirigió el biografiado; el resto de los artículos provenía de su propia autoría o de corresponsales de diversas partes del mundo o de traducciones que el director encargaba a sus alumnos; estas labores se realizaban fuera de clases normales, casi como adelanto a lo que varias décadas más tarde se denominaría actividad extracurricular. Tanto el Boletín como las dos entidades académicas mencionadas subsistieron algunos años al traslado del hermano Daniel a Bogotá pero entraron poco a poco en declinación hasta la extinción en la década de los noventa.